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明代南方许多少数民族如傣、纳西、白、彝、苗族的医药学也很有成就。白族在明代就出现了不少名医和医学著作。如赵州（今云南凤仪）赵良璧与鹤庆周思廉善治狂犬病，赵州杨世宾与杨宗儒精于儿科。赵州陈洞天撰述的《洞天秘典注》和李星炜著作的《奇验方书》、《痘疹保婴心法》等都是很有见解的医药学专著。彝文的第一部彝医著作《元阳彝医书》完成于明代，计记录病症68个，动植物药200多种，还记录了一些简单的外科手术。《滇南本草》则完成于明中叶，收录了不少彝族的医药经验和药物名称。《双柏彝书》也成书于明中叶，比李时珍的名著《本草纲目》尚早12年，全书约5000字，详细记述了多种疾病的治疗和用药方法。苗族医药学历史悠久，自成体系。一些苗药具有独特的疗效，李时珍的《本草纲目》就收有苗药20多种，其中的“菊花”一药直接注明苗人名曰“华华”。
在明代，南方少数民族的房屋建筑基本可分为竹木结构的“干栏”式和土木砖瓦结构的四壁着地式两种形式。壮、布衣、傣、苗、侗、仫佬、毛南、水、黎、佤等族，继续保持传统的“干栏”建筑形式，建造竹木结构的二层楼房，上面住人，下面饲养牲口家禽或堆放柴草。如傣族“惟编木立寨，贵贱悉构以草楼，无窗壁门户，时以花布障围四壁，以避风雨而已”[80]。壮族是“缉茅索绹，伐木架楹，人栖其上，牛羊豕犬畜其下，谓之麻栏”[81]。黎族的房屋也是干栏式的，“凡深村黎，男妇众多，必伐长木，两头搭屋各数间，上复以草，中剖竹，下横上直，平铺如楼板，其下则虚焉。登涉必用梯，其俗呼曰栏房。”[82]原氐羌系统的彝、白、哈尼、傈僳、拉祜等民族，则在他们传统建筑形式的基础上，吸取汉族建筑技术，而一些原百越族系和百濮族系或某些民族的部分地区也受到汉族建筑形式的影响，改变其传统的建筑形式，出现了土木砖瓦结构的四壁着地式建筑。如白族的住宅和居屋，多建成与汉族相似的四合院，富裕人家有二三进的院落，并建有漂亮的门楼。纳西族木氏知府的宅院，也仿照中原建筑工艺而建，从东到西有好几个院落，正门和住宅北侧建有高大的石牌坊和木牌坊，最后一个院落外面还建有层叠高大的门楼。屋顶和楼角大多层甍勾角，上盖铜瓦，玉砌雕栏，巧夺天工，壮丽堂皇。南方少数民族建筑中，侗族的鼓楼别具一格，驰名中外。它究竟始于何时已难考察，但在明代已经大量存在。如乾隆《玉屏县志》记载该县的鼓楼：“南明楼，鼓楼，明永乐年间建。”乾隆《沅州府志》载张扶翼《鼓楼记》也云：“（沅州）邑治旧有鼓楼，创自弘治年间，规模宏壮，巍然为一。”明代侗族鼓楼的式样，据《赤雅》的记载为：“以大木一株埋地，作独脚楼，高百尺，烧五色瓦覆之，望之若锦鳞矣。（铺）板。男子歌唱饮啖，夜归，缘宿其上，以此自豪。”这种鼓楼，当时亦名“罗汉楼”。